การทำงานของเครื่องสแกนลายนิ้วมือ สามารถกล่าวสรุปได้สั้นๆ คือ การแปลงลายนิ้วมือของเรา ที่อยู่ในรูปแบบลายเส้น ที่ประกอบจาก Ridge และ Furrow ที่เกิดขึ้นจากการสัมผัส ที่หัวอ่านที่เป็นกระจก โดยมีการตกกระทบของแสงทำให้เกิด รอยที่ จุดวางนิ้ว เมื่อเกิดรูปลายเส้นแล้ว ระบบจะทำการเปลี่ยน ลายเส้นนิ้วมือ ให้อยู่ในรูปโครงสร้าง จุดตัด หรือ core หรือ มุม โดยจะมีลักษณะเฉพาะ ที่แตกต่างกัน
เมื่อได้จุดตัด หรือโครงสร้างแล้ว เครื่องสแกนลายนิ้วมือ จะทำการเก็บลายนิ้วมือ ไว้ในรูปแบบโครงสร้าง หรือ template อาจจะมีการเข้ารหัส หรือบีบอัดเก็บไว้ เพื่อลดขนาดพื้นที่ในการจัดเก็บ ซึ่งเกือบ 100 % ของ เครื่องบันทึกเวลา ที่เป็นระบบ stand alone ที่นำหน่ายในบ้านเราตอนนี้ จะเก็บข้อมูลในรูปแบบ โครงสร้างหรือ template ทั้งนั้น เพราะการเก็บข้อมูลชนิดนี้จะเก็บเพียงโครงสร้างที่แปลงมาแล้ว ซึ่งการเก็บรูปแบบ Bitmap นั้นจะใช้พื้นที่ ในการจัดเก็บไฟล์เยอะ
เมื่อระบบทำการจัดเก็บลายนิ้วมือไว้เป็นโครงสร้าง แล้ว ก็คือ กระบวนการในการค้นหาลายนิ้วมือ identification หรือการค้นหาแบบ 1:N หรือ หนึ่งต่อจำนวนนิ้วที่เก็บทั้งหมด โดยเมื่อเราทำการวางลายนิ้วมือที่ ช่อง fingerprint scanner ระบบจำทำการเปลี่ยนรูปนิ้วมือที่วาง เป็นรูปแบบโครงสร้าง แล้วนำไปเปรียบเทียบกับลายนิ้วมือต้นฉบับ ทั้งหมด ที่เก็บไว้ในเครื่อง ซึ่งหาค้นหา ก็จะมีการรายงานผลการสแกนออกมา พร้อมทั้งบันทึกเวลา และรหัสของนิ้วที่มีการสแกนไว้ใช้งานร่วมกับ ระบบคำนวนเวลาทำงาน หรือถ้าหากค้นไม่พบ ก็ใช้มีการแจ้งเตือนเพื่อให้ลองสแกนใหม่อีกครั้ง
นับว่าเป็นขั้นตอนที่ไม่ซับซ้อนสำหรับการเริ่มต้นใช้งาน ระบสแกนลายนิ้วมือ ในปัจจุบัน และเป็นทางเลือกเริ่มต้น สำหรับผู้ที่กำลังมองหา เครื่องบันทึกเวลา มาใช้งานในปัจจุบัน